Sebastian Kühnen ist ehrenamtlicher HIV/Aids-Seelsorger im Evangelisch-Lutherischen Dekanatsbezirk München. Hauptberuflich ist er in München zur Zeit mit einer halben Stelle Gemeindepfarrer an der Erlöserkirche in München-Schwabing. Mit der anderen Hälfte arbeitet er als Pfarrer in der Evangelischen Kircheneintrittsstelle München.